Ужнівські магістранти-біоінформатики відстажувалися в Південночеському університеті в Чеських Будейовицях
Планове стажування є елементом співпраці між біологічним факультетом УжНУ та Південночеським університетом у Чеських Будейовицях, а також результат багаторічних наукових контактів к.б.н., доцента кафедри ботаніки Романа Кіша та PhD Яна Вондрака.
Серед провідних завдань стажування – опанування методів пошуку молекулярних маркерів (ДНК-штрихкодів, або ДНК-баркодів), придатних для ідентифікації таксонів у вищих рослин. Головну увагу магістранти зосередили на рослинах-ендеміках, насамперед вузькоареальних видах, поширених тільки в Східних Карпатах на території України та Румунії. Такі види становлять значний інтерес для вивчення механізмів еволюції в різних таксономічних групах. З огляду на обмежене поширення вони є пріоритетними для охорони.
До дослідження залучили матеріал близько десятка видів природної флори Карпат, зокрема локальних ендеміків – фітеуму Вагнера (вид, уперше описаний з Українських Карпат), сюсюрею Порціуса, талабан дакський тощо.
Магістранти освоювали молекулярно-генетичні та біоінформатичні методи: особливості та специфіку екстракції нуклеїнових кислот у представників різних систематичних груп, постановку полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР), аналіз продуктів ампліфікації та секвенування, в тому числі аналіз послідовностей ДНК, використовуючи BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – засіб пошуку основного локального вирівнювання) – комп’ютерну програму, що використовується при порівнянні для пошуку подібних нуклеотидних (або амінокислотних) послідовностей, та MAFFT (multiple alignment using fast Fourier transform) – програму для множинного вирівнювання нуклеотидних послідовностей.
Опанування цієї методологічної бази дозволить, з одного боку, запровадити й розвивати в Ужгородському університеті напрямок пошуку ДНК-баркодів, придатних для ідентифікації таксонів різного таксономічного рівня, а з іншого – створити передумови використання ДНК-штрихкодування для інвентаризації національного біорізноманіття молекулярними і геномними методами.
Біологічний факультет УжНУ висловлює щиру подяку PhD Яну Вондраку та PhD Станіславу Свободі за організацію стажування, проведений курс навчання та надану можливість роботи в лабораторіях інституту.